Se ha comentado por parte de muchos investigadores del Caso Fátima que los principales protagonistas de toda esta historia, los tres pastorcillos, fueron las primeras víctimas del caso. Dos de ellos perderían la vida en los dos años inmediatos a la fecha de la última vez en que se produce la aparición, el 13 de octubre de 1917, aunque por culpa de una pandemia (la llamada gripe española) que provocó millones de muertos en los cinco continentes a partir de 1918. La tercera protagonista –Lucía dos Santos- sería recluida en un Convento al cumplir 14 años. Gozaría de una larga vida y moriría a la avanzada edad de 97 años otro día 13, pero éste de febrero y en el año 2005. De la supuesta aparición mariana se han escrito miles de páginas y quizá otras tantas estén aún por escribir, pero la verdad exacta de lo que pasó solo la conocen unas pocas personas: aquellas que custodian las actas originales y que recogen las primeras declaraciones de los niños; también quienes, en un momento determinado, tuvieron acceso a su lectura y descubrieron que este famoso caso en poco o nada se relaciona con una aparición mariana, por lo que mantiene todavía unas extrañas y misteriosas connotaciones a día de hoy, cuando está a punto de cumplirse el primer centenario del suceso.
Estos documentos manuscritos no solo reflejan la auténtica verdad de la aparición y de lo que pasó, sino también una serie de negativos fotográficos que tomó el famoso fotógrafo portugués Josua Benoliel el día del último contacto (13 de octubre) y cuyos herederos venderían después de su muerte a los depositarios de todos estos documentos, suponemos que a buen precio. Dos de estos negativos serían los más “explicativos” del fenómeno y de los que hablaremos en otro momento.
A todo cuanto aconteció en Fátima no es ajena la situación de las relaciones de la Iglesia con el Estado portugués, cuya República laica estaba privando a la institución de todos sus privilegios ancestrales dentro de un ambiente de ateísmo y laicidad como nunca se había vivido en Portugal, aunque estos enfrentamientos no alcanzaron la virulencia que adquirirían años más tarde en la vecina España al proclamarse su II República. Cuando se produce el primer encuentro de los pastorcillos con ese extraño Ser luminoso el 13 de mayo, la incredulidad es la tónica general. Poco a poco determinados clérigos van contactando con los niños y haciéndose eco de sus relatos, pese a que el párroco de Aljustrel, Manuel Marques Ferreira, nunca creyó que los pastorcillos hubieran tenido un encuentro con la Virgen y mantuvo su incredulidad hasta que forzado por determinadas presiones, hubo de abandonar su parroquia en 1919.
Fueron algunos sacerdotes y jesuitas, llegados de fuera y especialmente el abate Faustino José
